Музей-заповедник создан на основании постановления Совета Министров ТАССР от 19.02.1990 г. № 67 "О создании Елабужского государственного историко-архитектурного и художественного музея-заповедника в Татарской АССР" во исполнение постановления Совета Министров РСФСР от 30.08.1989 г. № 269. Территория - 491,5 га, число экспонатов основного фонда - 10988 единиц хранения.
Музей-заповедник является объектом исторического и культурного наследия федерального (общероссийского) значения. В 1990 г. город Елабуга (1780 г.) включен в Список исторических населенных мест Российской Федерации.
В состав музея-заповедника входят:
Ансамбль городской застройки Елабуги (конец XVIII - начало XX вв.) - русского уездного (провинциального) города, сохранившего свой особый колорит, единство архитектурно-пространственного облика с великолепным природным местоположением, обогащенного видами и панорамами, открывающимися с улиц, набережных, от речных пойм рек Тоймы и Камы, дорог, ведущих в город. На сравнительно небольшой территории в Старой (центральной) части города на двух коротких по длине (два квартала) продольных улицах сосредоточены памятники жилой, гражданской и общественной, культовой, торгово-промышленной архитектуры. Здесь нет зданий похожих друг на друга, все они строились по особому проекту. В первую очередь привлекает взгляд как главный композиционный акцент Спасский собор 1811 г. - редкое сооружение подобного типа, как по размерам, так и по уровню архитектурного исполнения. Ансамбль городской застройки Елабуги является уникальным образцом купеческой архитектуры XIX в., сохранившим до наших дней свой неповторимый облик и прекрасный ландшафт. Природа окрестностей увековечена русским пейзажистом И.И. Шишкиным.
Мемориальный дом-музей И.И. Шишкина - единственный в стране музей выдающегося русского живописца, основоположника реалистической пейзажной школы, размещен в доме семьи Шишкиных, где художник провел свои детские и юношеские годы и куда неоднократно приезжал в период зрелого творчества.
Музей-усадьба Н.А. Дуровой - русской писательницы, женщины-офицера, известной как «кавалерист-девица». Она прожила в Елабуге с 1841 года до конца своих дней, и была здесь похоронена в 1866 г.
Музей истории г. Елабуги. В экспозиции «Под городским гербом» представлены предметы быта, одежды и национальных украшений татар, русских, кряшен, удмуртов, марийцев и многое другое, что связано с историей города.
Елабужское (Чертово) городище (X в. - 1547 г.) - культурный слой укрепленного средневекового поселения болгар, казанских татар с сохранившимися следами трех линий укреплений и остатками каменного квадратного монументального сооружения с круглой башней крепостного и одновременно культового назначения. Здесь в 1552 г. после взятия Казани был основан Троицкий монастырь.
Ананьинский могильник (VII - V вв. до н.э.) - давший название целой культуре. Впервые его исследовали в 1858 г. П.В. Алабин и И.В. Шишкин. Коллекции из могильника, которые, по подсчетам А.М. Тальгрена, насчитывают более 1500 предметов, не считая фрагментов сосудов и бус, храняться в очень многих музеях не только России, но и за границей.
Территория музея-заповедника доступна для туристического показа. Доехать можно автобусом из г. Казани, по реке Каме пароходом или ракетой. Музеи и экспозиции открыты ежедневно в 9.00 до 18.00. Для туристов и экскурсантов имеются гостиницы, рестораны, кафе, магазины, стоянки для автотранспорта, места для отдыха.